All'indomani del delitto Matteotti, Pertini iniziò un'intensa attività di lotta contro il fascismo. Il suo studio di avvocato a Savona venne più volte distrutto, egli stesso fu bastonato in più occasioni dagli squadristi. 

Il 22 maggio 1925, Pertini venne arrestato a Stella per aver distribuito il foglio clandestino Sotto il barbaro dominio fascista. Negli articoli pubblicati in quell'opuscolo e rivendicati da Pertini come propri venivano posti in rilevo le responsabilità della monarchia verso il perdurare del regime fascista e delle sue illegalità e violenze.

Inoltre, si esprimeva sfiducia nell'operato del Senato del Regno, composto in maggioranza da filofascisti, chiamato a giudicare in Alta Corte di Giustizia le eventuale complicità del generale Emilio De Bono nel delitto Matteotti.

Accusato di "istigazione all'odio tra le classi sociali" (art. 120 del Codice Zanardelli), oltre che dei reati di stampa clandestina, oltraggio al Senato e lesa prerogativa della irresponsabilità del re per gli atti di governo, Pertini, sia nell'interrogatorio dopo l'arresto sia di fronte al procuratore del re, sia durante l'udienza pubblica davanti al Tribunale di Savona, rivendicò il proprio operato assumendosi ogni responsabilità e si disse disposto, qualunque fosse la condanna inflittagli, a proseguire nella lotta antifascista e per il socialismo e la libertà. 

Il 3 giugno di quello stesso anno fu condannato a otto mesi di detenzione e al pagamento di una ammenda per i reati di stampa clandestina, oltraggio al Senato e lesa prerogativa regia ma fu invece assolto per l'accusa di istigazione all'odio di classe.

Liberato dopo il vittorioso appello del suo difensore, G.B. Pera, Pertini proseguì nella sua lotta.

Il 9 giugno 1925, alla vigilia dell'anniversario del delitto Matteotti, con l'aiuto di alcuni operai, Pertini riuscì ad appendere sotto la lapide che alla fortezza di Savona ricordava la progionia di Giuseppe Mazzini una corona con un nastro rosso e la scritta "Gloria a Giacomo Matteotti".

Le violenze e le bastonature fasciste proseguirono con maggiore violenza. La più grave, nell'estate del 1926, lo costrinse al ricovero all'ospedale.

Nel novembre 1926, dopo il fallito attentato a Mussolini di Zamboni, Pertini, come molti altri antifascisti in tutta Italia, fu oggetto di nuove violenze da parte dei fascisti e fu quindi costretto ad abbandonare Savona e a rifiugiarsi a Milano. Il 4 dicembre 1926, con la proclamazione delle leggi eccezionali antifasciste, Pertini venne assegnato al confino per la durata di cinque anni (il massimo previsto dalla legge).